局属单位：

市爱国卫生和健康促进中心

市计划生育协会

下属机构：

市人民医院 

曲阜中医药学校

市中医院

市疾控中心（卫生监督所）

市妇幼保健计划生育服务中心（市妇保院）

市精神病防治院

市口腔医院

市第二人民医院（鼓楼社区卫生服务中心）

书院社区卫生服务中心

王庄卫生院

石门山中心卫生院

吴村卫生院

姚村中心卫生院

时庄社区卫生服务中心

陵城卫生院

小雪社区卫生服务中心

息陬卫生院

市第三人民医院（尼山中心卫生院）

防山卫生院