曲阜市水务局下列办公室、党建科、规划建设科、政策法规与监督科、水资源与节约用水科、工程管理与水旱灾害防御科6个内设科室,辖尼山水库管理局（正科级）、水利科技推广服务中心（正科级）、红旗闸管理所（副科级）、河湖事务中心（副科级）、工程管理站、水资源管理站、建设站、沂河管理所、水土保持试验站、机井队10个事业编制单位。