石门山镇区域属暖温带大陆季风气候区，四季分明。其特点是春季多风，雨少易旱；夏季温热，多雨易涝；秋季天高气爽，旱涝相间；冬季寒冷干燥，雨雪稀少。多年平均气温13.9℃，最高气温41℃（2002年7月15日），最低气温-18℃（1972年1月26日），全年平均无霜期210天，平均初霜日在10月20日，平均终霜日在4月15日，年平均日照2389小时，大于10℃的积温4557.8℃。多年平均降水量672.1毫米，最大年降雨量1179.3毫米(1964年)，最小年降雨量430.9毫米（1989年），差值748.4毫米，最大值为最小值的2.74倍。按频率计算，丰水年（P=20%）799.8毫米，平水年（P=50%）645.2毫米，偏枯年（P=75%）551.1毫米，枯水年（P=95%）443.6毫米。降水年由分配多年平均6~9月份506.8毫米，占全年降水量的75.4%，枯水期8个月，占24.6%，形成了年际变化大，年内分配不均的特点。区域夏季多东南风，冬季多西北风，年平均风速2.2m/s，年最大风速15.7m/s。多年平均蒸发量1655.10毫米。

境内河流主要有崄河、衡庙河与郭泗河，流向自北向南。境内水库、塘坝众多。建有水库23座，包括韦家庄水库、河夹店水库和梨园水库3座小(一)型水库以及20座小(二)型水库，总库容1380万立方米，年实际供水能力450万立方米；建有塘坝85座，总库容236万立方米，年实际供水能力50万立方米。北部山区地下矿泉水资源丰富，储量大、水质好，现已经青岛权威机构检测，水质已经达到国家矿泉水标准。

依托农林资源优势，对“果篮子”经济农产品进行有效的儒家文化包装，充分体现特色农业生产与观光旅游的有机结合，以石门山国家级森林公园、玫瑰庄园、牡丹花海、汇鑫现代农业、乐善庄园等项目为主体，将山、林、果、牧等优美自然、人文景观有机的结合起来，开展鲜果采摘节、民俗农家乐、风情度假游等多种生态旅游项目，全力打造“山、林、果、牧”四位一体的生态型旅游产业。

充分利用北部山区2000亩的板栗基地、2000亩山楂、桃、枣基地、中部的3000亩的黄金梨和15000亩的草莓基地、南部的3000亩的葡萄基地等农业资源，大力开展生态农业自摘、自采、镇村农活体验等丰富多彩的旅游活动。另外，我镇的葡萄、黄金梨、草莓等产品均已取得国家无公害农产品认证，并申请注册了“石门山”商标；马铃薯、草莓两个产品申请了国家绿色食品认证。

石门山有着悠久的中药种植传统，镇域内近40平方公里丘陵山地，非常适宜种植黄芪、甘草、金银花、党参、丹参等中药材，产量及品质均得到专业部门认可（因当时产品外销不能得到保证从而未能大面积持续发展）。现镇域内周庄村、大庙村、黄沟村等地均有金银花、党参等种植基地。