十三碑亭院内存有金代碑亭两座，元代碑亭两座，清代碑亭九座。金代碑亭是孔庙现存最早的建筑物。亭内存有唐、宋、金、元、清代碑刻50余块，多是历代皇帝对孔子追谥加封的昭告、拜庙祭祀的祭文和修建孔庙的记事碑。